1.栽植保存
即将整个果树植株在原地（就地保存）或迁移栽植到一定的圃地（迁地保存）中保存的方法。
栽植保存是目前最常用、最可靠的保存果树种质资源的方法，是由果树这一多年生的异质型个体，且以营养繁殖为主要繁殖方法等特点所决定的。但由于该法占地大、投资高、工作繁重，故该法不是最理想的方法。
用栽植保存法保存的果树种质资源的数量依树种和品种而定。一般言，乔木果树每一品种栽植保存3—5株，灌木和藤木果树6—8株，草本果树20—25株，珍贵资源应适当增加株数。
栽植保存的果树种质资源一经定植，就应结合当地具体条件进行管理，尽可能满足不同树种和品种生长发育的要求，以使资源植物良好生长，充分表现其本身性状和特性。
2.种子保存
即在适宜条件下，用果树植物的种子来作为保存其种质的材料。
种子保存简便易行，经济实用。在对野生果树、实生砧木、无融合生殖类型、一些实生繁殖的桃、杏、核桃、板栗等种质资源的保存上有一定的意义。
但是，以下几方面的原因限制了种子保存：①大多数栽培果树用种子繁殖，其后代变异性很大，不能保持种质稳定性；②保存种子的条件是降低种子含水量，而后在低温下贮存。大多数作物的种子含水量可降低至6%—8%，而一些果树（板栗、核桃、山核桃、柿、榛等）的种子在失水较多的情况下，生活力迅速下降，甚至死亡。这些果树的种子含水量必须保持在12%—31%以上才能维持活性。故用种子保存在目前还较困难。
3.花粉保存
即在适宜条件下，以果树植物的花粉作为保存其种质的材料来加以保存的方法。
花粉保存经济、简便，尤其在果树品种改良方面有特殊意义。但花粉贮存的年限较短，即使属于花粉寿命较长的蔷薇科苹果属，其花粉贮存的最长期限是在-2℃下贮存9年（后泽和涩川，1951）。近年来，用超低温法或冷冻干燥法保存果树花粉的研究（如苹果花粉在-190℃液态空气中贮存2年后与新鲜花粉相似，桃花粉在-20℃贮存9年活力仍很高等）很令人鼓舞，有望取得突破。此外，花粉为单倍性的单细胞，在保存过程中有遗传变异的潜在可能，而且，目前还存在将花粉重组为原来二倍体植株等的技术难题。
4.营养体保存
休眠期的果树枝条或插穗在低温保湿（-2—2℃，相对湿度96%—98%）条件下可以短期贮藏，避免营养体失水，并延长休眠期，保证再生长的适宜生理状态。
在一定条件（如低温保湿、液态冷冻）下有选择地长期（至少10年）保存经过很好鉴定、保持遗传完整性材料的场所称为营养系库。
营养体保存或营养系库是果树种质资源保存的理想方法，其经济简便，更重要的是保存的种质具有个体的全部遗传特性。但该法目前因技术原因尚未达到实用阶段。据报道，带根或不带根的蔷薇科果树木质化枝条，在-1℃下可以保存1年。苹果枝条经预备冷冻、渐冷却至-40℃，在置于液态氮（-70—-90℃）中冻结保存，经溶解后嫁接，成活率可达80%，且接芽生长良好。因此，有必要对保存材料的选择、保存条件、保存材料的再繁殖等进行深入研究，以使该方法早日应用于果树种质资源的保存中。
对几种主要落叶果树的种质，分别用种子、花粉、营养体（接穗）保存的效果比较如表2-3-7所示。
表2-3-7 果树不同种质材料的保存效果比较
引自《果树育种学》，1992，沈德绪主编。
5.分生组织保存
应用组织培养技术，对果树植物的分生组织进行繁殖保存，以保存果树种质资源的方法。
分生组织保存具有占空间少、保存份数多、维持费用低、繁殖速度快、可育无病毒材料、繁殖材料能表现出原品种或种质的遗传特性等优点，因而是理想的保存果树种质资源的方法。Galzy（1969）对葡萄茎尖组织培养的研究表明，在2m2的面积上可以保存800个葡萄品系的6个重复，每年转一次，已保存了15年以上。而在田间种植保存同样数量的材料，需占地1ha。
用分生组织保存果树种质资源显示出了广阔的前景，但目前仍有一些技术问题尚需解决，且用分生组织培养是否发生部分遗传变异的问题也应深入研究，并予以解决。
